（一）办公室。负责统筹协调机关工作，负责文秘、信息、公务档案管理、机要、保密、值班、局志年鉴、精神文明、安全保卫、政风行风建设、政府采购、国有资产管理、机关后勤管理等工作；负责起草重要报告和综合性文件；负责有关重要会议的组织服务工作；负责本系统督查督办、目标管理工作；负责人大代表议案、政协委员提案的协调办理工作；负责信访维稳、反恐综治、扫黄打非、对外宣传工作；负责指导和协调议事协调机构的办事机构的日常工作。
（二）政策法规科。负责指导交通运输行业体制改革工作和交通运输特许经营企业的行业管理工作；承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和督促指导；承担交通运输部门行政权力事项的清理，承担行政执法监督、行政复议、行政诉讼和规范性文件审核备案工作；负责指导交通运输法制宣传教育工作；组织拟订交通运输行政执法装备标准规范、培训考试计划并监督实施，管理交通运输执法证件；承担依法治市和依法治交相关工作；负责指导交通运输综合行政执法有关工作。
（三）公路管理科。负责指导全市普通国、省干线公路和农村公路管理和养护；负责全市公路管理、养护年度实施计划；负责全市干线公路养护质量的监督检查；组织全市公路、桥梁养护达标竞赛活动及养护质量评定工作；负责全市公路系统新材料、新技术、新工艺、新设备的推广应用；负责指导县（市、区）公路养护管理工作；负责全市普通国、省干线公路网络安全、信息化以及行业统计、信息调查工作；负责全市收费公路管理工作（不包括高速公路）。
（四）高速公路管理科。负责制定全市高速公路建设中长期规划、年度工作计划；负责高速公路项目前期准备工作；负责全市范围内新建高速公路实施的组织协调工作；负责全市高速公路“一路四方”联席会议日常工作；负责高速公路运营到期后资产接收工作；组织督促检查全市高速公路建设、营运情况。
（五）航务管理科。负责制定辖区水上交通运输、港口、码头、航道及航道设施建设规划和年度计划；负责全市水路运输行业环保和节能减排的行政管理工作；负责辖区航道及设施的建设、管理、维护等监督管理和航运发展工作；负责组织开展航道通航条件影响评价与水上水下作业咨询工作；负责全市渡改人行桥建设的监督管理工作；负责全市渔业船舶的检验和监督管理工作。
（六）综合规划科。组织编制综合交通运输体系规划，研究拟订公路和水路行业发展战略，组织拟订公路、水路和运输枢纽、物流发展、交通脱贫攻坚等行业发展规划、中长期规划、年度计划并监督实施；负责审核专用公路规划，参与拟订物流业发展规划；承担公路、水路重点建设项目的后期评价工作，承担地方交通建设项目可研、立项审查工作；负责全市交通运输综合统计（数据收集、审核、经济运行分析、上报等）及预测工作；负责指导行业节能减排及生态环境保护工作；负责指导管理全市交通运输行业招商引资，开展地区间经济技术合作与交流工作；承担交通运输行业特许经营管理工作。
（七）建设管理科。贯彻执行交通建设行业政策、规章和技术标准；负责全市公路、水路交通建设市场秩序和建设过程的监督管理（工程招投标备案、项目设计、施工许可审批、竣工验收等）工作；负责监督、指导交通建设工程项目的工程进度、工程质量、工程造价、合同管理工作；负责督导农村脱贫攻坚工作；负责指导交投公司发展工作。
（八）运输管理科（城市客运指导科）。研究制定全市综合运输发展规划，承担综合运输体系建设有关协调工作；负责客运运力投放监督工作；负责道路、水路客货运输秩序监督管理；负责客货运输、汽车维修、汽车租赁、造船等企业及车站、码头（港口）、驾校等经营行为的监督管理；负责道路重点运输的监督协调工作；负责指导全市机动车驾驶员的培训工作；负责指导和推进道路运输站场建设等工作；组织拟订城市公共客运的行业管理政策、标准和规范并监督实施；负责指导城市公交客运及有关设施规划和监管工作；负责指导全市出租车行业管理和打击非法营运工作；负责指导城市交通运营、客运服务质量的监督管理工作；负责道路运输行业相关认定、评定工作；负责指导全市公交车、巡游出租车、网约出租车、共享单车的管理和质量信誉考核工作。
（九）安全监督科（应急管理科）。负责指导全市公路、水路行业安全生产和应急管理工作；负责拟订公路、水路行业综合性生产安全、应急管理的相关制度并监督实施；负责指导全市公路、水路行业安全生产应急预案的拟订并监督实施；负责指导生产安全事故、污染事故的应急处置；组织开展季节性生产安全大检查和专项督查工作；负责本行业重大安全隐患整治；负责统计分析公路、水路交通和道路运输企业安全事故；负责组织实施安全管理目标责任考核、监督检查和宣传教育工作；组织或参与有关事故的调查处理工作。
（十）科技和信息化科。组织拟订交通运输行业科技和信息化发展规划、政策、制度并监督实施；组织重大科技项目申报、立项及成果评审、鉴定、推广与交流工作；承担交通运输行业有关标准、计量工作；负责交通运输网站建设、管理、运维工作；负责机关网络舆情监测、报送、处置、考核及网络评论工作；负责市级交通运输系统网络信息化管理工作；负责指导各县（市、区）交通运行监测与应急保障中心及“12328”建设、维护工作。
（十一）行政审批科。负责指导、监督交通运输行业行政审批制度改革工作；负责清理调整行政审批事项，规范管理行政审批；承担市本级交通运输系统行政审批事项的受理和审批工作，发放行政许可证；负责组织协调涉及市级相关部门并联审批事项的办理工作；负责做好与行政审批事项有关的统计、调研和咨询服务工作；承担审批服务便民化有关工作。
（十二）财务审计科。负责指导和监督交通运输行业的会计核算和财务管理；负责指导交通运输行业审计工作，组织拟订交通运输行业审计工作制度并监督实施；负责监督全市水陆干线基础设施国有资产的使用和管理；承担交通运输行业专项资金筹集、监督、管理和外汇、信贷及利用外资的财务管理工作；承担机关并指导监督所属单位的财务管理、内部审计、国有资本和国有资产保值增值等工作；组织对机关和所属单位直接承建工程项目财务收支情况的监督检查。
（十三）人事科（党建工作科）。组织拟订交通运输行业人才和教育培训发展规划、制度并监督实施；承担机关并指导所属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、社会保险、离退休人员管理服务等工作；按干部管理权限负责局属单位领导班子的管理工作；负责指导交通运输行业人才队伍建设、专业技术等级培训考核和劳动保护及职业健康工作；负责交通运输行业职业资格、专业技术职称评审和聘用的相关工作；负责指导交通运输行业的思想政治、职业教育和培训工作；负责局党委、机关党委相关工作；负责局机关结对帮扶工作；负责指导交通运输综合行政执法队伍建设有关工作。
（十四）市交通战备科（市保护通信线路安全科）。负责贯彻交通战备有关政策的实施意见；负责规划全市国防交通网络布局；负责对市内交通建设提出有关国防要求的建议；组织参与有关交通工程设施的勘测、设计、鉴（审）定和竣工验收；负责监督检查和协助组织国防要求的贯彻落实；负责拟定全市国防交通保障计划，组织国防交通专业保障队伍，担负抢险救灾等突发事件的畅通保障任务；负责全市的国防运力动员和运力征用；负责制定和实施全市国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；组织全市国防交通科学技术成果的推广、应用；负责全市保护通信线路安全工作的组织、协调、检查督促工作；组织参与有关保护通信线路安全的综合治理工作；负责指导、检查、监督全市铁路、交通、邮电、民航等部门及各县（市、区）的国防交通工作。
机关党委。负责机关和所属单位的党群工作。